制作豆腐的大豆，含有一种叫皂角苷的物质，它能预防动脉粥样硬化，但又能促进人体内碘的排泄。长期过量食豆腐很容易引起碘的缺乏，发生碘缺乏病。
豆腐中含有极为丰富的蛋白质，一次食用过多，不仅阻碍人体对铁的吸收，而且容易引起蛋白质消化不良，出现膨胀、腹泻等不适症状。
在正常情况下，人吃进体内的植物蛋白质，经过代谢变化，最后大部分成为含氮废物，由肾脏排出体外。人到老年，肾脏排泄废物的能力下降。此时，若不注意饮食，大量食用豆腐，摄入过多的植物性蛋白质，势必会使体内生成的含氮废物增多，会加重肾脏的负担，使肾功能进一步衰退，不利于身体健康。
豆腐含嘌呤较多，嘌呤代谢失常的痛风病人和血尿酸浓度增高的患者均应慎食。
豆腐性偏寒，胃寒者，易腹泻、腹胀之脾虚者，或常有遗精之肾亏者也不宜多食。
最近，美国医学专家还研究指出，豆制品中含有极为丰富的蛋氨酸，蛋氨酸在酶的作用下可转化为半胱氨酸，后者会损伤动脉管壁内皮细胞，使胆固醇和甘油三脂易于沉积于动脉壁上，促进动脉硬化的形成。
因此，食豆腐也应适量，不宜天天吃，一次食用不要过量。老年人、肾脏病人、缺铁性贫血病人、痛风病人、动脉硬化患者要控制食量，特别是痛风病人要少食。